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Juan Manuel Vargas nació en Lima, el 5 de octubre de 1983. A los 12 años se integra a las divisiones menores del Club Universitario de Deportes del Perú. Por recomendaciones de Luis Salhuana, (padre de otro juvenil crema), llega a las filas del Unión Minas de Cerro de Pasco, dirigida en ese entonces por Roberto Mosquera.
En el año 2002, Juan Vargas regresa a la Universitario pero la primera parte del año pasó inadvertido por la constelación de estrellas que tenía el cuadro estudiantil, donde destacaban José Guillermo Del Solar, José Luis Carranza, Oscar Ibáñez, José Pereda, Martín Vilallonga, entre otros
La situación de la U era complicada tanto en lo futbolístico como en lo económico, hasta el punto que los futbolistas profesionales decidieron irse a la huelga y la dirigencia decidió recurrir a los juveniles. De esta forma, Juan Vargas debutó con Universitario el 24 de noviembre de ese mismo año en un encuentro disputado contra Cienciano del Cuzco, en el Estadio Monumental.
Después de algunas temporadas exitosas en las que marcó numerosos goles, el lateral dejó a Universitario de Deportes y es cedido al club Club Atlético Colón. En Argentina, pudo seguir desarrollando su habilidad para ejecutar tiros libres, adueñándose de los balones parados. En el año 2006, Juan Vargas es fichado por el Calcio Catania de Italia,tras dejar de lado una oferta del Portsmouth FC. El monto de la venta fue de 3 millones 350 mil dólares.
Debido a las buenas actuaciones de Juan Vargas con el Calcio Catania, finalmente Vargas decidió fichar por la ACF Fiorentina, por un monto de 12 millones de euros, firmando un contrato por 5 temporadas.
