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Nació en Villa El Salvador (Lima) el 26 de octubre de 1984). Juega de delantero. Su actual equipo es el Schalke 04 de la Bundesliga.
Comenzó en las divisiones menores del club edil Deportivo Municipal desde pequeño, cuando el profesor Montalvo lo descubrió. Ya en 1999 fue vendido al Club Alianza Lima con sólo 14 años de edad en una módica suma. Es en el equipo blanquiazul donde debutó en Primera División, hecho que se dio el 28 de julio del 2001.
En 2001 jugó para la selección peruana en las categorías menores, ganando así los XIV Juegos Bolivarianos que se diputaron en Ecuador. A partir del 2002 fue titular indiscutible en Alianza, siendo nombrado como el jugador revelación del año. En el 2004 sólo jugó la primera mitad del año para Alianza, anotando 14 goles y ayudando de esta manera a conseguir el Torneo Apertura.
En junio del 2004 pasó al PSV Eindhoven por una cifra que ascendió a 1,8 millones de euros, firmando un contrato hasta el 2010. A mediados del 2008, luego de obtener el tetracampeonato con el PSV, el cuadro holandés llegó a un acuerdo con el Schalke 04 para venderlo, acuerdo que ascendió a los 10 millones de euros aproximadamente. Farfán firmó por cuatro temporadas con el club alemán.
